Sân vận động Quốc gia Mỹ Đình, Sân vận động Hàng Đẫy ở Hà Nội và Sân vận động Thiên Trường ở Nam Định là ba địa điểm được lựa chọn ban đầu cho môn bóng đá nam, trong đó các trận đấu vòng bảng sẽ diễn ra tại sân Hàng Đẫy và sân Thiên Trường, còn sân Mỹ Đình sẽ là nơi tổ chức các trận bán kết, tranh huy chương đồng và chung kết. Tuy nhiên, đến tháng 9 năm 2020, Sở Văn hoá Thể thao Thành phố Hà Nội đã có công văn chính thức gửi Tổng cục Thể dục Thể thao về việc xin không đăng cai một bảng của môn bóng đá nam tại SEA Games 31 với lý do sân đã xuống cấp và việc nâng cấp, sửa chữa không kịp tiến độ cho SEA Games.[2] Phú Thọ đã bày tỏ sự quan tâm đến việc tổ chức một bảng đấu của bóng đá nam tại SEA Games 31 trên Sân vận động Việt Trì; địa phương này chính thức được tuyên bố là địa điểm đăng cai môn bóng đá nam vào ngày 21 tháng 11 năm 2020, thay thế cho Sân vận động Hàng Đẫy.[3][4]